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Grâce au Fonds de petites subventions pour la lutte contre le VIH/sida financé par l'ACDI, le CSIH a cherché à renforcer la collaboration entre le Canada et les pays en développement ou en transition, afin d’encourager l'élaboration d'approches novatrices, rentables et fondées sur les connaissances pour lutter contre la pandémie du VIH/sida, ainsi qu’à accroître la quantité et la qualité des programmes de lutte contre le VIH/sida. Plus de cinquante petits projets ont été financés dans plus de trente pays. Le CSIH a géré tous les aspects du Fonds, depuis la coordination des processus de demande, d'examen et de sélection des petites subventions jusqu'à la supervision et au suivi de leur mise en œuvre, en passant par la gestion des finances du Fonds et la réalisation des évaluations de fin de projet. Le CSIH a également fourni un renforcement des capacités transversales aux bénéficiaires des petites subventions et favorisé la mise en réseau entre eux. Chacune des petites subventions a adopté une approche innovante en matière de VIH/sida, telle que des approches intersectorielles reliant le VIH/sida à des secteurs non liés à la santé, comme l'éducation ou le travail, ou travaillant avec des populations non traditionnelles, comme les femmes, les enfants ou les orphelins.

Le CSIH était également chargé d'évaluer les résultats des activités subventionnées, ce qui impliquait l'élaboration d'un cadre d'évaluation, l'analyse des informations et la transmission de ces informations aux bénéficiaires des petites subventions. Une approche participative a été utilisée tout au long du processus, l'accent étant mis sur le renforcement des capacités des bénéficiaires à concevoir, mettre en œuvre et suivre efficacement les projets.